V knjigi "Fidel in Raul, moja brata, skrivno življenje" Juanita opisuje svojo vlogo v kubanski revoluciji, ki je z oblasti odnesla diktatorja Fulgencio Batisto, ki je imel podporo ZDA. Sledilo je razočaranje nad novo oblastjo, natančneje, nad maščevalnim pohodom brata Fidela in posledičnim vzpostavljanjem komunizma.
"Razočarana sem, ker sem videla toliko krivic. Moja situacija na Kubi se je zapletla, ko sem pomagala sovražnikom bratovega režima", je pojasnila Juanita.
Juanita Castro je od leta 1961 pa do pobega v ZDA leta 1964 sodelovala s Cio ter pomagala osebam, ki jih je brat Fidel želel usmrtiti. Juanita je s Fidelom zadnjič govorila daljnega leta 1963 v Havani, ko sta se srečala na pogrebu matere. Z mlajšim bratom je imela zadnje stike leta 1964, le nekaj dni pred pobegom v ZDA.