Potem ko je septembra leta 1660 velik požar v bližini Karlovških vrat upepelil petnajst lesenih hiš, so se tamkajšnji prebivalci zaobljubili, da bodo na pogorišču mestnega senika postavili cerkev in jo poimenovali po zaščitniku pred ognjem, sv. Florijanu.
»Mestni magistrat je 1666. odstopil zemljišče in obljubil gradbeni material, nato pa sta pet let pozneje škof Jožef grof Rabatta in magistrat izdala dovoljenji za gradnjo, stolni župnik Ivan Marko Rosetti pa je odprl knjigo dobrotnikov, v katero so zapisovali darove Ljubljančanov.
Cerkev so začeli graditi v času župana Janeza Krstnika Dolničarja aprila 1672., 1680. so se iz zvonika oglasili zvonovi, 1696. pa je bila posvečena z glavnim in stranskima oltarjema vred. Ko so Ljubljančane pestile epidemije, povodnji in vojne nevarnosti, so k sv. Florijanu vodile procesije iz stolnice,« je o začetkih te baročne cerkve, podružnice župnije sv. Jakoba, med drugim zapisal pater Lojze Kovačič.
Ob požaru junija leta 1774 je zvonik izgubil streho, zvonovi so se stopili, poškodovana pa je bila tudi cerkvena oprava (oltarji, orgle, okna, tlak). Za obnovo cerkve, za katero so odšteli več kot 1600 goldinarjev, so v Ljubljani pobirali »požarni davek«. Zvonik je dobil novo streho šele 1840., trinajst let zatem pa sta se 663 kilogramov težkemu zvonu, ki so ga v spomin na požar dali vliti meščani, pridružila še dva, narejena v Samassovi livarni.
V nišah na pročelju sta kipa škofa in kardinala Karla Boromejskega ter cesarja Karla VI., ki so ju sem prenesli z nekdanjih mestnih vrat na Dvornem trgu. Z Levstikovega trga so 1862. prestavili vodnjak kamnoseka Gornika iz 1729. Ko je v letih 1933−1934 arhitekt Jože Plečnik urejal okolico cerkve, je dal v prvotni glavni vhod vgraditi kompozicijo sv. Janeza Nepomuka s kipom Francesca Robbe iz kapelice pri črnuškem mostu (1727.). Stranska oltarja iz črnega marmorja sta nastala v kamnoseški delavnici Mihaela Kuše, ki je stala v bližini današnje Gruberjeve palače.
Mimo cerkve sv. Florijana je nekdaj vodila cesta, ki je bila najpomembnejša povezava mesta z jugovzhodom in dolenjskim kolodvorom. Ta se je sprva imenovala Visoki trg, po letu 1876 Sv. Florijana ulica, od 1952. pa se imenuje Gornji trg. Danes v tej cerkvi ni rednega župnijskega bogoslužja, zaradi izredne akustičnosti pa so v poletnih večerih v njej občasni koncerti, zlasti komorne baročne glasbe.













