Sredi osemdesetih let je bila sprejeta odločitev za graditev predora.
Leta 2004 je sprejet lokacijski načrt.
Spomladi 2008 bi po številnih zapletih in ponovitvah zbiranja ponudb skoraj oddali dela italijanskemu izvajalcu Vidoniju, ki je ponudil izgradnjo za 87 milijonov evrov.
2. septembra 2009 sta bila po treh letih sta bila izbrana mariborski CPM in avstrijska družba Alpine Bau GmbH. Predor naj bi za 64,5 milijona evrov zgradili do leta 2012, Slovenija bi tako pridobila dodatne štiri kilometre obale.
11. septembra 2009 so v izolski civilni iniciativi za razvoj podeželja zagrozili, da bodo vložili zahtevek za revizijo izdanega gradbenega dovoljenja za predor Markovec, ker nihče ne pripravlja nove trase ceste Jagodje–Šared, po kateri bi vozili izkopani material iz predora na deponijo pod Šaredom.
24. oktobra 2009 je bil podan predlog za stečaj CPM, ki bi gradil predor Markovec. Stečaj bi preprečil podpisovanje pogodbe med Darsom in Cestnim podjetjem Maribor
17. novembra 2009 sta SCT in Primorje na Dars poslala zahtevo po obnovi postopka za izbiro izvajalca gradnje predora. Teden prej sta namreč od informacijske pooblaščenke prejela odločbo, da je Dars »bistveno kršil pravila postopka«.
2. decembra 2009 je predsednica uprave Družbe za avtoceste RS (Dars) Mateja Duhovnik podpisala pogodbo s CPM in Alpine Bau o gradnji predora Markovec na hitri cesti Koper–Izola. Naložba znaša po pogodbeni vrednosti 64,5 miijona evrov. Predor predvidoma dokončan spomladi 2013.
15. oktobra 2010 CPM Maribor, glavni izvajalec del pri gradnji predora Markovec med Koprom in Izolo, zahteva od Darsa dodatno plačilo. Menda gre za 3,9 milijona evrov dodatnih stroškov na pogodbeno ceno 64,5 milijona evrov.
18. novembra 2010 so ustavili gradbena dela zaradi tehničnih in finančnih težav glavnega izvajalca CPM Maribor.
11. februarja 2011 je Alpine Bau od Cestnega podjetja Maribor prevzel vso dokumentacijo. Cena ostaja nespremenjena: 64,5 milijona evrov, rok za dokončanje je avgust 2013.
11. aprila 2011 sta med gradnjo sta propadla nosilna izvajalca: CPM Maribor in SCT. Po tretji zaustavitvi del na semedelskem nadvozu je Dars v enem samem tednu poiskal dogovor z drugim pogodbenim partnerjem (Kraškim zidarjem).
12. maja 2011 Alpine Bau še ni začel delati na vzhodnem delu predora Markovec, vzroka za zamudo niso znali pojasniti niti na Darsu. Semedelski nadvoz bi lahko dokončali septembra, Kraški zidar bo nekatera dela opravljal tudi ponoči.
31. maja 2011 pospešeno poteka gradnja predora z izolske strani, že sedem mesecev pa stoji na koprski strani.
5. avgusta 2011 predora Markovec ponoči ne vrtajo več. Krajani so v dogovoru z Darsom dosegli ustavitev nočnega miniranja.
2. septembra 2011 Televizija Slovenija poroča, da naj bi se gradnja predora Markovec podražila za najmanj 18 milijonov evrov, rok dokončanja pa naj bi prestavili za najmanj eno leto. To naj bi bilo mogoče sklepati iz protokola o nadaljevanju gradnje predora, ki ga je menda Dars 15. februarja letos skrivaj podpisal s podjetjem Alpine Bau kot glavnim izvajalcem del. V Darsu so vse navedbe iz TV Dnevnika zanikali. Iz Darsove službe za komuniciranje so še enkrat pojasnili, da je bil glavni izvajalec del v predoru CPM, ki ni bil več sposoben delati naprej. Zato je Dars podpisal protokol o nadaljevanju del s solidarnim partnerjem Alpine Bau GmbH, ki je že po prvotno sklenjeni pogodbi izvajalec del v predoru Markovec. »Protokol ni niti sporen niti ni bil podpisan na skrivaj.«