Računsko sodišče je ugotovilo, da zavod ni posloval v skladu s predpisi v dveh primerih. Kot so zapisali v povzetku revizijskega poročila, je ZPIZ s spremembo notranjega akta določil nove, višje količnike osnovne plače delovnih mest, na katera je 108 zaposlenih prerazporedil v nasprotju z zakonom o delovnih razmerjih, saj niso izpolnjevali pogojev za zasedbo delovnega mesta.
19 vodilnim uslužbencem je ZPIZ povečal osnovne plače v nasprotju z zakonom o razmerjih plač v javnih zavodih, državnih organih in v organih lokalnih skupnosti tako, da so njihove osnovne plače presegle količnik 9,00. Zaradi navedenih nepravilnosti je zaposlenim za leto 2007 obračunal za 108.452 evrov previsoke plače.
Poleg tega je računsko sodišče ugotovilo, da je ZPIZ v nasprotju s predpisi o javnem naročanju naročil računalniške storitve in nabavil namizne računalnike ter pripadajočo programsko opremo v skupnem znesku 146.515 evrov.
Zaradi ugotovljenih nepravilnosti je računsko sodišče zavodu izreklo mnenje s pridržkom.