Kovač se je v bavarsko prestolnico preselil lansko poletje iz Frankfurta. Bayern je Eintrachtu zanj plačal 2,200.001 evrov odškodnine. Evro je bil simboličen za njegovega brata Roberta, sicer pomočnika, ki je v paketu z Nikom odšel v München. Najuspešnejši nemški klub in seveda tudi najbogatejši je z Nikom Kovačem sklenil triletno pogodbo z letno plačo 6 milijonov €. Ker je klub predčasno razdrl pogodbo, bo moral 48-letnemu v Berlinu rojenemu trenerju hrvaškega rodu, nekoč tudi igralcu Bayerna, plačati zajetno odpravnino. Po izračunih bi se ta sukala med 9 in 10 milijonov €.
Kovač – po Zlatku Čajkovskemu in Branku Zebcu tretji Hrvat na Bayernovem trenerskem stolčku – je za prvenstveni poraz proti svojemu nekdanjemu klubu z 1:5 plačal z odstavitvijo. Zanimivo pa je, da si je prav zaradi uspešnega dela pri klubu iz nemške bančne prestolnice Frankfurta prislužil poziv Bavarcev. Pred dvema letoma jim je preprečil osvojitev dvojne krone za naslov državnega in pokalnega prvaka.Pod Kovačevo taktirko si je Bayern v minuli sezoni povrnil obe lovoriki.
Vrhunec komedije zmešnjav pri münchenskemu klubu bo zadnja tekma lige prvakov v skupini B v ligi prvakov, 11. decembra, med Bayernom in Tottenham. Bayern, ki je pred drevišnjim dvobojem z Olympiacosom s stoodstotnim izkupičkom tako rekoč že v osmini finala (zadostuje že točka), je s Kovačem na klopi letošnjega finalista lige prvakov v Londonu premagal z rekordnim izidom 7:2. Med glavnimi kandidati za trenerja Bayerna se omenja tudi poraženega kolega Mauricia Pochettina, ki je v angleškem prvenstvu še veliko slabši, kot je Bayern v nemškem.
Kljub milijonom evrom je Niko Kovač v primerjavi s Josejem Mourinhom revež. Sloviti Portugalec je v karieri samo od odpravnin zaslužil 62 milijonov €