Guzmán, ki je nastanjen v zaporu na jugu Manhattna, je po navedbah nevladnikov v svoji celici, kjer luči tudi ponoči ostanejo prižgane, zaprt po 23 ur na dan, brez neposrednega dostopa do dnevne svetlobe. Amnesty International je v pismu tožilcem izrazila skrb, da so pogoji njegovega pripora, ki jih dovoljujejo pravila, v ameriškem kazenskem pravu znana kot posebni administrativni ukrepi, »pretirani in da kršijo mednarodne standarde humanega ravnanja« z zaporniki, je poročal Guardian.
Podobne skrbi so pred kratkim izrazili tudi njegovi pravni zastopniki, rekoč da so pogoji, pod katerim čaka na sojenje, strožji kot v najbolj varovanih zaporih po državi. Njegova odvetnica Michelle Gelernt je dejala, da Guzmán vse od izročitve v ZDA ni bil v stiku s svojo družino. V zadnjih tednih je po njenih besedah začel kazati znake fizičnih in psihičnih težav. Med drugim naj bi imel težave z dihanjem in doživljal halucinacije.
Tožilstvo je na dosedanje pripombe in opozorila odvetnikov odgovorilo tako, da je spomnilo, kako so se končala Guzmánova pretekla pridržanja v Mehiki, ko mu je ob pomoči zunanjih sodelavcev kar dvakrat uspelo organizirati in izvesti spektakularne pobege iz zapora.













