Na oblast je prišel z državnim udarom leta 1982, 17 mesecev kasneje so ga z državnim udarom strmoglavili s položaja. Njegova kratka vladavina velja za eno najbolj krvavih obdobij v 36-letni državljanski vojni v Gvatemali, v kateri je bilo ubitih 200.000 ljudi.
Obtožen je bil odgovornosti za genocid nad avtohtonim prebivalstvom Ixil Maya. V času, ko je bil na oblasti, naj bi gvatemalska vojska pobila več kot 1700 pripadnikov tega ljudstva. Sam je odgovornost za genocid vseskozi zavračal.
Maja 2013 je bil zaradi tega genocida obsojen na 80 let zapora kot prvi diktator iz Latinske Amerike, obsojen za genocid. A le nekaj dni kasneje je gvatemalsko ustavno sodišče to odločitev razveljavilo zaradi napake v postopku. Odtlej so odvetniki nekdanjega diktatorja skušali preprečiti nadaljevanje postopka, češ da je njihov klient slabega zdravja ter trpi za demenco.